Muốn thăm Tam Cốc, du khách xuống thuyền từ bến trung tâm. Thuyền đưa du khách trên dòng sông Ngô Đồng uốn lượn qua các vách núi, hang xuyên thủy, cánh đồng lúa. Thời gian đi và trở lại khoảng 2 giờ. Phong cảnh Tam Cốc, nhất là 2 bên dòng sông Ngô Đồng có thể thay đổi theo mùa lúa (lúa xanh, lúa vàng hoặc màu bạc của nước trên cánh đồng). 

Bích Động-Xuyên Thủy Động

Bích Động nằm cách bến Tam Cốc 2 km, có nghĩa là "động xanh", là tên do tể tướng Nguyễn Nghiễm, cha của đại thi hào Nguyễn Du đặt cho động năm 1773. Đây là một trong những thắng cảnh nằm trong nhóm được người xưa gọi là "Nam thiên đệ nhất động", cụ thể Bích Động được mệnh danh là "Nam thiên đệ nhị động" tức động đẹp thứ nhì trời Nam [đứng sau động Hương Tích (Nam thiên đệ nhất động) ở Hương Sơn và đứng trước động Địch Lộng (Nam thiên đệ tam động) ở Kẽm Trống]. Bích Động gồm một động khô nằm trên lưng chừng núi (làm chùa Bích Động) và một hang động nước đâm xuyên qua lòng núi (gọi là Xuyên Thủy Động). Phía trước động là một nhánh sông Ngô Đồng uốn lượn bên sườn núi, bên kia sông là cánh đồng lúa.

Xuyên Thủy động là một động tối và ngập nước nằm dọc theo chiều dài khối núi Bích Động. Xuyên Thủy động như 1 đường ống hình bán nguyệt bằng đá dài khoảng 350 m uốn lượn từ phía Đông sang phía Tây. Bình quân bề rộng của Xuyên Thủy động là 6m, chỗ rộng nhất là 15 m. Trần và vách động thường bằng phẳng, tạo hoá như xếp từng phiến đá lớn thành mái vòm cung, bán nguyệt với muôn hình vạn trạng.

Lối vào Xuyên thủy động ở phía sau núi, đối diện với đường vào chùa Bích Động. Tại điểm kết thúc hành trình xuyên thủy động, du khách có thể leo núi để tới động và chùa Bích Động.

Chùa Bích Động là một ngôi chùa cổ gắn với núi đá mang đậm phong cách Á Đông. Chùa được dựng từ đầu đời nhà Hậu Lê. Trong chùa có quả chuông lớn đúc từ thời vua Lê Thái Tổ, mộ tháp các vị hòa thượng có công xây dựng chùa. Thời Lê Hiển Tông (1740-1786) chùa được trùng tu mở rộng thêm, bao gồm Chùa Hạ, Chùa Trung, Chùa Thượng, trải ra trên ba tầng núi.